תהליך ההכנה של תכנית ימית לישראל כלל ארבעה שלבים:
1. איסוף המידע והידע וניתוחם
2. הגדרת החזון והמטרות של התכנית
3. פיתוח אמצעי מדיניות ליישום המטרות ובחינת גישות חלופיות להבנייה מרחבית של המרחב הימי
4. גיבוש תכנית ימית לישראל:
- אמצעי המדיניות המומלצים ליישום
- המבנה של המרחב הימי של ישראל
- גיבוש תהליך מעקב אחר יישום התכנית ועדכונה
התרשים להלן מציג את המתודולוגיה של התהליך. בכנף הימנית ישנם, בכל שלב, היזון והיזון חוזר של כל אחד מתחומי הידע הרלוונטיים, ואילו בכנף השמאלית ישנה השתתפות פעילה של בעלי העניין הנוטלים חלק בתהליך. גם המומחים וגם בעלי העניין מלווים על-ידי ועדה מייעצת מקצועית מדעית מקומית ובין-לאומית ועל-ידי פורום משותף של בעלי עניין.
